À compter du 1er janvier 2013, une nouvelle phase s’ouvre pour le système communautaire d’échange de quotas de gaz à effet de serre (SCEQE) dont la directive 2009/29/CE a étendu le champ d’application et a modifié les modalités d’allocation des quotas de gaz à effet de serre.

La directive 2009/29/CE modifie la directive 2003/87/CE afin d'améliorer et d'étendre le système communautaire d'échange de quotas d'émission (SCEQE) de GES pour la phase 3 (2013-2020). D'abord, la nouvelle directive rationalise et élargit le champ d'application du SCEQE pour inclure notamment d'autres GES (émissions de N 2O de la production de l'acide nitrique, adipique et glyoxylique et émissions de PFC de la production d'aluminium) et d'autres secteurs (émissions de CO 2 de la pétrochimie, de la production d'ammoniac et d'aluminium). D’autre part, elle assujettit des activités non plus seulement en raison de leur émission de CO2 mais également de leur émission d’hydrocarbures perfluorés.

Parmi les mesures adoptées, l’article 10 bis de la directive 2009/29/CE, relative au système communautaire d’échange de quotas d’émissions de gaz à effet de serre, prévoit la création d’un mécanisme de financement destiné aux démonstrateurs de taille commerciale de captage et stockage du CO2 (CSC) et de démonstrateurs d’énergies renouvelables innovantes.

A compter du 1er janvier 2013, les modalités d'attribution primaire des quotas d'émission seront différentes. Le principe général sera désormais celui de la mise aux enchères des quotas dès la première tonne de CO2 émise. La directive prévoit certes de nombreuses exceptions à ce principe.

L’Europe a rapidement souhaité élargir le dispositif et en améliorer l’efficacité, ce qui a été fait par la modification de la directive en 2009 (Directive 2009/29/CE du 23 avril 2009). La directive prévoit que l’ensemble des émissions de l’industrie européenne sera limité à 21 % en 2020 par rapport au niveau de 2005, soit un maximum de 1 720 millions de quotas. Pour atteindre cet objectif européen, qui remplace les 27 objectifs nationaux actuels, le nombre total de quotas d’émissions en circulation à la fin de 2012 sera augmenté de 1,74 % chaque année.

De plus, les émissions industrielles de gaz à effet de serre qui ne seront pas rejetées dans l’atmosphère grâce à l’utilisation des technologies dites de capture et de stockage de carbone seront comptabilisées comme non émises dans le cadre du système européen d’échange de quotas d’émissions.

A la différence de la directive 2003/87/CE, la directive 2009/29/CE fixe un plafond unique d'émissions de GES des secteurs visés et ce, pour l'ensemble de l'UE, afin de renforcer la prévisibilité et la transparence du SCEQE. Il n'y aura donc plus de PNAQ par Etat membre pour la période 2013- 2020. La directive 2009/29/CE prévoit également une harmonisation des modalités d'allocation des quotas.
La directive définit les règles de calcul du plafond pour l'UE. A compter de 2013, le nombre total de quotas d’émission devrait décroître chaque année de façon linéaire à partir du milieu de la période 2008-2012. Le point de départ de cette droite est la quantité totale moyenne de quotas d’émission fixée par an par les Etats membres pour la période 2008-2012, adaptée de manière à tenir compte de l’extension du SCEQE en 2013. Le facteur linéaire de réduction de la quantité annuelle par rapport au plafond de la 2 e période est établi à 1,74%. Ce facteur linéaire a été défini sur la base de la réduction globale de 20% des émissions de GES (base 1990), ce qui équivaut à une réduction de 14% par rapport au niveau de 2005. La réduction demandée aux secteurs visés par le SCEQE est cependant plus importante : -21% d'ici 2020 (base 2005). Le coût de ce système pour les secteurs concernés sera donc beaucoup plus important.

Dans le cadre du paquet climat énergie, le Parlement européen a adopté le 23 avril 2009 la directive CE 2009/29 (8) visant à reformer le système communautaire d'échange des quotas d'émission pour la période 2013-2020. Ce système couvrira désormais de nouvelles émissions liées aux produits pétrochimiques, les émissions de NO2 provenant de la production d'acide nitrique, adipique et glyxolique ainsi que les émissions de PCF provenant du secteur de l'aluminium.
Or, la directive de 2009 qui va étendre considérablement le marché carbone ne prévoit à peu près rien pour encadrer et réguler ce marché. La directive renvoie la définition du calendrier, de la gestion et des autres aspects de la mise aux enchères des quotas à un texte ultérieur, devant être adopté le 30 juin 2010 au plus tard selon une procédure de comitologie.

La directive CE 2009/29 CE prévoit une possibilité pour les Etats membres d'exemption pour les petites installations dont les émissions ne dépassent pas le seuil des 25 000 tonnes d'équivalent CO2 par an qui seraient soumises à des mesures équivalentes de réduction des émissions de GES, telles que des mesures fiscales.

A propos de la régulation du marché proprement dite, après mise aux enchères, la directive dispose simplement que la Commission européenne, dont ce n'est pas le cœur de métier, « surveille le fonctionnement du marché européen des quotas de carbone ». Toutefois, la Commission ne dispose d'aucun pouvoir. Elle doit seulement remettre chaque année un rapport sur le fonctionnement du marché du carbone et examiner « avant le 31 décembre 2010, si le marché des quotas est suffisamment à l'abri des opérations d'initiés et des manipulations de marché [...] ». Elle ne clarifie donc ni le statut juridique des quotas (s'agit-il d'instruments financiers ou de biens physiques ?), ni l'organisation des enchères (quelles procédures suivre ?), ni la réglementation du marché carbone (marché réglementé avec une chambre de compensation ou non, désignation d'une autorité de régulation...).

La directive 2009/29 qui est venue généraliser la mise aux enchères des quotas. En effet, le système de mise aux enchères est appelé à prendre progressivement le relais de l’allocation gratuite des quotas par les plans nationaux d’allocation, qui ont fait l’objet de nombreux contentieux et ont essuyé plusieurs critiques tenant notamment aux sur-allocations de quotas et profits qu’ils généraient.

La nouvelle directive supprime progressivement la gratuité des quotas au profit d’un système d’enchères. Près de 60 % du nombre total de quotas seront vendus aux enchères à partir de 2013. La vente aux enchères totale devrait être de rigueur dès 2013 pour le secteur de l’électricité. Dans d’autres secteurs, les quotas gratuits seront progressivement retirés sur une base annuelle entre 2013 et 2020. Certains secteurs à forte consommation d’énergie pourraient continuer d’obtenir gratuitement tous leurs quotas à long terme, si la Commission identifie un risque significatif de "fuite de carbone", c’est-à-dire un risque de délocalisation dans des pays tiers où les lois relatives à la protection du climat sont moins strictes. Les secteurs concernés par cette mesure n’ont pas encore été déterminés.

Ce mécanisme de financement est doté de 300 millions de quotas d’émissions provenant de la réserve des nouveaux entrants du système d’échange communautaire, soit entre 4,5 et 9 milliards d’euros pour un cours du CO2 compris entre 15 et 30 euros par tonne.
Les modalités de sélection et de financement des projets dans le cadre de ce mécanisme communément appelé NER300 pour « New Entrant Reserve 300 » ont été définies par la décision jointe en annexe, adoptée le 2 février 2010 en Comité du changement climatique, et qui devrait être prochainement publiée par le Commission européenne.

La délivrance des quotas se fait par virement effectué par le gestionnaire du registre national vers le compte de l’exploitant. Préalablement chaque exploitant s’est vu ouvrir un compte de dépôt pour chacune de ses installations concernées. Chaque année le compte de chaque installation est crédité de la fraction annuelle des quotas qui lui sont alloués.

Le mécanisme financement-Quotas permettant un financement des projets jusqu’à hauteur de 50% des « coûts pertinents »au sens de l’article 3 de la décision.
Le lancement de deux appels à projet successifs, le premier étant doté de 200 millions de quotas. Une sélection des projets en deux phases : la pré-sélection a lieu au niveau national et la sélection finale des projets est réalisée au niveau européen. Pour finir, un minimum d’un démonstrateur sélectionné par pays et un maximum de trois, les projets transfrontaliers n’étant pas comptabilisés pour cette limite.

Enfin, la directive prévoit qu’au moins 50% des recettes de la mise aux enchères des quotas devront être alloués par les Etats membres à des actions d’adaptation ou d’atténuation des changements climatiques, au développement de technologies propres, à la lutte contre la déforestation et à l’aide à l’adaptation dans les pays en développement.

La directive CE 2009/29 (12) prévoit également la possibilité de conclure des accords afin d'assurer la reconnaissance des quotas entre le système communautaire et les autres systèmes contraignants compatibles d'échange de droits d'émission de GES établis dans d'autres pays. Le texte prévoit également un panel de mesures en cas de fluctuations excessives des prix des quotas (possibilité notamment pour les Etats membres d'avancer les mises en enchères).

Avant la directive, les quotas étaient alloués gratuitement aux principaux émetteurs industriels de CO2 en fonction de leurs émissions passées, ceux-ci pouvant ensuite échanger ces quotas sur le marché secondaire selon leurs besoins. La gratuité des quotas ne signifie pas que le système est sans effet sur les installations concernées. Lorsque ses émissions sont supérieures au total des quotas qui lui sont alloués gratuitement, l'entreprise doit en acquérir sur le marché de quotas. Et lorsque ses émissions sont inférieures à ce total, elle peut les vendre. La gratuité ne neutralise donc pas le jeu incitatif du marché.
En donnant aux émissions de gaz une valeur économique, le système des quotas alloués gratuitement incite en effet les pollueurs à les intégrer dans leurs décisions et à arbitrer entre deux stratégies: soit réduire les émissions et vendre les quotas non utilisés si le coût des investissements pour réduire les émissions est inférieur au coût des quotas équivalents, soit acheter des quotas supplémentaires si les investissements nécessaires à une réduction des émissions sont trop élevés.

Pour faire face à ces inquiétudes, les leaders européens ont défini des critères pour déterminer quelles industries pourraient recevoir après 2013 des permis de CO2 gratuits, lorsque le système ETS révisé commencera à s’appliquer. Des lignes directrices sont définies dans une annexe aux conclusions adoptées par les dirigeants européens lors du sommet de décembre 2008. Ces secteurs dits « exposés » ont été identifiés, comme prévu, avant le 31 décembre 2009 : les Etats membres ont approuvé, le 18 septembre 2009, une liste des secteurs visés.
Conformément à l’accord, les secteurs exposés à un risque important de fuite de carbone (ou délocalisations) se verront accorder gratuitement 100 % de leurs crédits d’émission de CO2. Toutefois, cette gratuité est conditionnée au « benchmark », c’est-à-dire à l’utilisation des meilleures technologies disponibles évaluées par rapport aux 10 entreprises les plus écoperformantes. En conséquence, les installations industrielles qui n’atteignent pas ce niveau de référence devront toujours payer leurs droits d’émission, ce qui pénalisera les entreprises les plus polluantes.

En réalité, la stratégie privilégiée consiste à arrêter une très longue liste des secteurs bénéficiant de quotas gratuits. Or, cette stratégie n'est pas sans inconvénient. En premier lieu, elle n'incite pas ces entreprises à développer des méthodes de production peu émettrices de gaz à effet de serre. En deuxième lieu, elle n'incite pas les entreprises extra-européennes non soumises à des contraintes analogues dans leurs États d'origine à réduire leurs émissions. En troisième lieu, pour les États membres, elle réduit considérablement les recettes attendues de la mise aux enchères. En 2013, environ 40 % des quotas seront alloués gratuitement. En dernier lieu, au moment où l'on met en place la taxe carbone qui va peser sur les ménages, il est difficile d'expliquer que les principaux pollueurs recevront des quotas gratuits.

Aux yeux de ces divers éléments on ne peut que s'interroger sur la nécessité d'élaborer un marché mondial du carbone. L'importance de ce débat doit être également replacée dans la perspective d'un marché mondial du carbone. Les conclusions du Conseil Environnement du 21 octobre 2009 appellent ainsi à « la création, dès que possible et de préférence d'ici 2015, d'un marché du carbone qui associe tous les pays de l'OCDE, en reliant entre eux des systèmes de plafonnement et d'échange qui sont comparables en termes d'ambitions et compatibles au niveau de leur conception, [...] ces mesures étant des étapes importantes vers la réalisation d'un marché mondial du carbone pleinement intégré ». Le marché européen étant de loin le plus important marché carbone dans le monde, l'Europe ne doit pas laisser passer sa chance de structurer ce marché mondial sur la base de son modèle.